Prepozyt i sufragan włocławski, Franciszek Kanigowski (1740–1759), ufundował antepedium z trybowanej srebrnej blachy, wykonane jako jedno z ostatnich dzieł toruńskiego złotnika Jana II von Hausena. Antepedium ozdobione jest monogramem Chrystusa i rogami obfitości otoczonymi zwojami taśm i liści akantu oraz graficznie opracowanymi ornamentami. Z tej fundacji powstała także trójstopniowa podstawa pod monstrancję, ozdobiona kiściami winogron, przy wykonaniu której Jan II von Hausen współpracował z rozpoczynającym karierę złotnikiem Janem Letyńskim, który już samodzielnie wykonał srebrną kotarę o bogatej ornamentyce wici roślinnej podtrzymywaną przez dwa aniołki, z trójlistnym baldachimem, stanowiącą tło dla monstrancji.

W latach 1744–1747 naprawiono jedną z wież i zakrystię, wymieniono wewnętrzne tynki, a dachy pokryto nową blachą miedzianą. Również w tym czasie powstały nowe ołtarze, o murowanych mensach i marmoryzowane o prostej konstrukcji, nieodznaczające się zbytnim artyzmem. Przy wejściu głównym pojawił się wówczas wewnętrzny, drewniany wiatrołap.

W 1747 r. archidiakon pomorski Augustyn Kliński ufundował do katedry obraz malowany na płótnie przedstawiający scenę Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, który swym kształtem dostosowany był do obrysu podsklepiennego łuku ściany tęczowej. Malowidło to ukazywało unoszoną ku niebu Maryję, którą adorowali klęczący niżej święci polscy patronowie, przedstawieni w naturalnej skali. Natomiast około 1750 r. na filarach w nawie głównej katedry zawieszone zostały obrazy malowane na płótnie, które z Rzymu przywiózł kanonik Florian Lachowicz. Obrazy te przedstawiały: Najświętszą Maryję Pannę z Dzieciątkiem, Anioła podtrzymującego ciało Chrystusa zdjęte z krzyża (tak zwana „Pieta Anielska”), św. Grzegorza Wielkiego, św. Franciszka Serafickiego, św. Józefa Kalasantego oraz św. Jana Kantego.

Za rządów biskupa Antoniego Sebastiana Dembowskiego (1752–1763), w 1752 r., zastąpiono blachą miedzianą pozostające jeszcze na dachach zakrystii dachówki. W 1759 i w 1763 r. poprawiano doraźnie nierówną posadzkę katedry oraz rozpoczęto przygotowania do przełożenia całej posadzki. W tym czasie zaczęto sprowadzać kamienie z Chęcin do wykonania posadzki. Jednak dopiero w 1765 r. podpisano umowę z kamieniarzem, który podjął się realizacji tego zadania.

Trudna sytuacja w całym kraju w końcu XVIII w. spowodowała, że biskup Józef Ignacy Rybiński (1777–1806) w 1778 r. pozwolił kapitule sprzedać osiem złotych kielichów dla spłacenia długów zaciągniętych na remonty w katedrze. W 1779 r. potrzebna była dość duża naprawa oszklenia okien katedry, natomiast w latach 1784, 1789 i 1792 przeprowadzano kolejne remonty dachów. W latach 1791–1792, kosztem prymicera Sulińskiego oraz dzięki funduszom pozostałym po zmarłych członkach kapituły, naprawiono i ozdobiono wszystkie boczne ołtarze, które dotrwały aż do regotyzacji w końcu XIX w.

W XIX w. rekwizycji podlegały wszelkie fundusze i dobra zarówno biskupie jak i kapitulne. Trudno więc było, by z wyznaczonych przez rząd pensji biskup i członkowie kapituły byli w stanie zaradzić wszelkim niezbędnym naprawom w katedrze. Pod zarząd władz świeckich dostały się fundusze kościelne i wszelkie podatki płacone przez duchowieństwo, dlatego też biskupi ubiegali się o pozyskanie od rządu środków na wszelkie poważniejsze remonty świątyń.

Biskup Józef Szczepan Koźmian (1823–1831) w 1824 r. zwrócił się do Rządowej Komisji Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, aby pensję biskupa należną za czas wakansu stolicy biskupiej przekazano na remonty w katedrze we Włocławku. Z tych funduszy naprawiano wówczas dachy katedry oraz gruntownie odrestaurowano ołtarz Pana Jezusa Ukrzyżowanego.

Ze względu na zły stan wież katedry, dla pomieszczenia dzwonów zdecydowano się na wybudowanie wolnostojącej dzwonnicy. Zbudowano ją w 1853 r. na terenie ogrodu Kolegium Wikariuszowskiego według projektu architekta gubernialnego z Warszawy, Franciszka Tournelle, który nadał jej charakter budowli neogotyckiej.